Таблица user_notifications не нужна, таблицу notifications исправить на примерно такую:
notifications('id', 'user_id', 'type', 'viaPusher', 'viaEmail', 'viaVk', 'viaTelegram'); // добавился user_id
Под каждый тип событий, для каждого пользователя создаёте отдельную запись
