Да, мы делали много магазинов на SPA. Основная проблема - системы аналитики и ретаргетинга глючат. Google Analytics и Метрика теряют источники переходов, что критично для партнёров, занимающихся предоставлением в интернет-магазин лидов, потому что они, как правило, берут деньги за заказы клиентов магазина, и им сложно доказать источник заказа (по utm-меткам). Также, большая нагрузка на сайт с SSR (северный рендеринг) подразумевает организацию кэширования компонент, что тоже не всегда просто.
Если у вас обычный контентный сайт, и нет сложных воронок продаж, то можно использовать SPA, даже без сложных интерфейсов, так страницы как правило открываются быстрее (кроме самой первой, если не SSR).