По моему опыту здесь проблема либо в оперативной памяти (когда ее становится мало, система начинает писать в своп-файл, возникающий при этом процесс kswapd жрет до 100% CPU, т.е. тормозить начинает все), либо в том, что какие-то из открытых вкладок браузера по той или иной причине жрут очень много CPU.
Тут может быть что угодно - и кривые страницы, и не до конца загружающаяся реклама (было у меня на firefox с адблоком на некоторых новостных сайтах - страница находится в состоянии вечной загрузки и загружает процессор почти на 100%), и, чаще всего, флеш, который может быть в виде баннеров или роликов на одной из вкладок. Он в линуксе тоже очень любит поесть.
Если Хром - можно посмотреть загрузку CPU вкладками через его собственный менеджер процессов. Если Firefox - можно прибить процесс plugin-container (это разом отключит весь флеш) и посмотреть, поможет ли.
