Хотелось бы дать решение если кому интересно.
Если мы хотим в Php эмулировать консоль со всеми ее ответами в Php, стоит использовать такую конструкцию.
$cmd = 'enconv /var/www/documents/xxx/\(1\)-1402322554-file -x utf8 -L russian';
$process = proc_open($cmd,
array(0 => array('pipe', 'r'), 1 => array('pipe', 'w'), 2 => array('pipe', 'w')), $pipes, NULL, NULL)) {
echo "<b>$cmd</b><br/>";
echo "OUTPUT:".stream_get_contents($pipes[1])."<br/>";
echo "ERRORS:".stream_get_contents($pipes[2])."<br/>";
echo "<br/>";
}
Так мы получаем всю информацию которую нам возвращает консоль. Все ошибки возвращаются так же. Очень удобно когда пишется программа которая использует внешние вызовы программ в коде.