Выяснила в чем дело. У нас проблема была в том, что у разработчиков стоят разные версии
компилятора LESS (lessc). При переходе между ветками в VCS чекаутились less файлы с
результатами их компилирования (так у нас устроено). Если какой-либо less файл пушил
другой разработчик, то результат компиляции в коммите отличается от того, что дает
локальный lessc. Поэтому lessc перекомпилирует его и отсюда возникают измененные файлы
в рабочей копии (скомпиленные из .less файлы .css).