Точное название плагина: HUSKY – Products Filter for WooCommerce (раньше назывался WOOF).
Пустые тёрмы можно скрыть только в платной версии плагина:
https://pluginus.net/support/topic/skryt-pustye-tyormy/
Наверное, как вариант, в некоторых случаях можно просто удалить атрибуты, по которым на данный момент выдается 0 совпадений.