Также нужно убедится, что например в файле template-homepage.php не прописана шапка непосредственно там, в таком случае Вы не увидите изменений. Просмотрите все файлы шаблона, на наличие шапок.
Если дело все таки в кешировании, а плагины Вы говорите все отключили, то как сказал LittleFatNinja, нужно отключить кеширование на сервере.
