Почему клиенту приходит 2 письма о заказе?

Можно попробовать отключить это почтовое событие здесь:
Рабочий стол - Настройки - Настройки продукта - Почтовые и СМС события - Почтовые шаблоны
Найти в списке [SALE_STATUS_CHANGED_N] Изменение статуса заказа на "Принят, ожидается оплата"
нажать изменить и убрать галочку в пункте "Активен"