Уже нашел решение!
add_action( 'woocommerce_created_customer', 'my_user_registration' );
function my_user_registration( $user_id ) {
$meta_com = get_user_meta( $user_id, 'user_type', true );
$value_yes = 'yes';
$role_yes = 'company';
$role_no = 'customer';
if ( $meta_com == $value_yes) {
wp_update_user( array( 'ID' => $user_id, 'role' => $role_yes ) );
} else {
wp_update_user( array( 'ID' => $user_id, 'role' => $role_no ) );
}
}
add_action('user_register', 'my_user_registration');
Срабатывает раньше чем мета user_type записывается в базу данных в этом и была проблема.