Тоже сталкивался с такой проблемой на нескольких компьютерах. По какой-то причине падает скорость работы SSD диска. Решал клонированием системы на другой SSD. Кстати, старый диск после форматирования опять работает с нормальной скоростью. Так что, если нет второго SSD под рукой, можно попробовать создать образ диска, отформатировать его, а потом обратно развернуть на него сохранённый образ системы. Думаю, тоже должно будет заработать.
Такое ощущение, что это какой-то глюк контроллера SSD диска.
PS: тоже такое происходило именного с SSD Kingston на 240 ГБ, поэтому и предположил глюк контроллера, так как другие диски работают нормально.