wdcloud

сделайте прослойку ElasticSearch =) Хотя бы кэш на запросы.
А так только EXPLAIN поможет понять как сам запрос оптимизировать. Возможно индексы плохие.

SElinux и firewall возможно, если более простые действия не помогли
https://www.nginx.com/blog/using-nginx-plus-with-s...
https://linuxize.com/post/how-to-stop-and-disable-...