приготовить дамп базы данных mysql
sudo mysqldump имябазыданных >> кудасохранить.sql
упаковать сайт в архив
tar -czvf archive.tar.gz /var/www/
можно подробнее, какая у вас система, куда копировать набросать четыре строчки для *.bat или bash и chrona не проблема