Сереализуете список в json и сохранять в файл. Потом, читаете из вашего файла, десериализуете json обратно в список, в цикле проходите по значениям, меняете их, сереализуете обратно в json и сохраняете в файл. Всё. Изи же.
У тебя нет списка в файле. У тебя в файле есть либо текст, либо более низкоуровневые байты. Как они там сохранены — только ты знаешь. Может быть JSON/pickle/msgpack/что-то ещё. Вот этим десериализуй, модифицируй, а потом обратно сериализуй.
