Тоже было надо, пришлось повозиться, у меня заработало так. Для виндового окружения битрикса (BitrixEnv version 2.1 Savanna edition) пишем в php.ini так:

[xdebug]
zend_extension="Apache2\ZendServer\lib\phpext\php_xdebug-2.1.2-5.3-vc9-nts.dll"
... (и далее параметры xdebug какие надо)

Предварительно кладем в папку phpext соответствующую версию xdebug (php_xdebug-2.1.2-5.3-vc9-nts.dll) и, главное, в php.ini секцию [xdebug] надо ставить перед [zend], иначе апач будет крашиться.