Программой можно управлять легко, если она написана нативным кодом для винды. Т.е. контролы все имеют дескриптор, по которому можно легко ими управлять. Получить дескриптор так же легко.
Если иной способ отображения контролов, то только эмуляция нажатия, отпускания, движения и так далее.
