Как лучше организовать код?

Да, да. Фреймворки это новый тренд. То ООП вдруг всем понадобилось. Возьмут одну статик функцию, обернут ее в класс и ваууу. То МVC тыкали куда надо и не надо, сейчас вот паттерны и фреймворки.

По сабжу.

1) Namespace + автолоад классов
2) расширенный stdObject как null объект.
что-то типа такого:

class null_object extends \stdClass{
	public function __call($a,$b){return $this;}
	public function __get($a){return null;} 
	public function __set($a,$b){return null;}
}
// как вариант <b>return $this;</b> во всех переопределенных функциях. Это уже по вкусу.

3) Паттерн registry - чтобы не порождать одно и тоже :) В идеале им и возвращать null_object.

Автолоадер подгрузит класс по пути сопоставленному с namespace. А пути вы уже можете тусить, как посчитаете нужным и правильным.

Про автолоад Тырк
Про STD Тырк
Про registry многое написано, но ссылки не даю, так как лучше повариться и малость обдумать.