При прохождении пакетов через порт сетевого оборуования они попадают в определенную очередь. Очередей на порту может быть несколько (сколько-то аппаратных, сколько-то программных). Очереди настраиваются, для них определяется, что они должны делать с пакетами при достижении определенных порогов (почитайте про basket token algorithm). Для каждой очереди задается светофор (ваши цвета красный, желтый, зеленый) - граничные значения. Для каждого граничного значения идут действия (шейпить, отбрасывать, перекладывать в другую очередь и т. д.).
Раскраска пакета означает назначение ему какого-то поля QoS (IPP/DSCP на уровне IP, 802.1p на ethernet или EXP на MPLS). На основании этой раскраски пакет помещается в одну из очередей на интерфейсе. Это никак не связано с цветами red-yellow-green.
