У меня была такая же проблема когда я переносил проект в GitHub.
Ваш проект, а именно sln файл находится по структуре папок глубже чем под-проекты, которые подключены к основному проекту. Когда вы пытаетесь выложить такой sln проект в репозиторий , то система не видит проекты уровнями выше. Вам стоит пере структурировать проекты и разместить их как вложенные папки как минимум в уровень где находится sln или выкладывать в репозиторий их уже отдельно.
Лично я решил это путем переноса проектов csproj по структуре папок на уровень где лежит sln. Это, конечно, потребовало заново указать ссылки на проекты, но в итоге все получилось.