vtysh

Пример мне не давал покоя долго. Не знаю, на сколько еще актуально, но похоже в последних версиях GAE таки что-то починили. Теперь не могу воспроизвести проблему даже без использования транзакций.

Конкретно с JPA не работал, но работал с Hibernate. Попробуйте вызвать flush после makePersistance
db.apache.org/jdo/api20/apidocs/javax/jdo/PersistenceManager.html#flush()