в дочерней теме нужно сохранять иерархию пути к файлу. То есть - если файл лежит в корне темы, то в дочерней теме, его тоже нужно ложить в корень (например header.php). А если файл лежит в какой-либо папке, то и в дочерней теме нужно эту папку создать, а потом влажить в нее этот файл .
Как пример inc/customizer/customizer-defaults.php