Я так понимаю, что выше Вам советовали самому не ковырять ядро CMS, тогда и обновления проще выполнять.
При правильном подходе это делается так: есть сама CMS, которая регулярно обновляется, а есть расширения, которые пишутся под конкретный сайт, и которые обновляет разработчик сайта. И эти две сферы, в общем-то, не должны пересекаться. Тогда обновление самой CMS никоим образом не затрагивают вашего кода. Хотя, конечно, иногда приходится и код расширений менять, если меняется API работы с ядром, или структура БД и т.д.
Если же без вмешательства в ядро CMS никак не получается, то вариант только один - делать форк этой CMS, и при выходе новой ее версии руками аккуратно мержить изменения, а потом уже на сайт заливать
