Сделал такое решение которая в прицепе работает у меня, оставляю тут может кому пригодится:
if (!empty($_GET['side'])) { // если передана фильтрация по разделу
$el = array();
$op = array('relation' => 'OR');
foreach ($_GET['side'] as $side) {
$el[] = array( // пешем условия в meta_query
'key' => 'catalog__side', // название произвольного поля
'value' => $side, // переданное значение произвольного поля
'type' => 'CHAR', // тип поля, нужно указывать чтобы быстрее работало, у нас здесь число
'compare' => 'LIKE', // тип сравнения IN, т.е. значения поля комнат должно быть одним из значений элементов массива
);
}
$args['meta_query'][] = array_merge($op, $el);
}