Зависит от множества факторов…
1. Neo4j (самая популярная, хорошая и провереная) Где-то в сети гуляют бенчмарки (vs mysql) в которых последняя терпит крах -: о со значительным проигрышем, хотя на сравнительно небольших объемах данных результат почти одинаковый.
2. FlockDb(https://github.com/twitter/flockdb). Здесь надо смотреть или подойдет по функциональности, используется в продакшене на твиттере.
