Задача сложна и требует серьёзного исследования. Дело тут в том, что второй эшелон — склад промежуточного хранения — добавляют, если затраты НЕлинейны и в больших объёмах развоз товара дешевле. Это, конечно, можно сымитировать более дешёвым завозом на склады. (А также чтобы разгрузить «мёртвые запасы» магазинов и законом больших чисел скомпенсировать случайные колебания спроса, но это, как я понял, не ваше дело.)
У вас написано: «Стоимость доставки это расстояния между точками». Таким образом, стоимость доставки не зависит от объёма подвоза, а зависит только от расстояния? Тоже, так сказать, нелинейное поведение. Приближённое решение ищите в алгоритмах кластеризации: зона, охватываемая одним складом — и есть кластер. Если же нужно точнее, приходится использовать какие-нибудь эвристики.
Например, расположим семь складов в каких-нибудь городах, вычислим вытекающую стоимость. А теперь вопрос: можно ли перенести какой-нибудь склад в соседний город, чтобы было дешевле? Итерационно работаем, пока не уляжемся в «оптимальное положение». Случайно набрасываем семь точек — и «скатываемся вниз», пока не успокоимся, и так много-много раз.
Лучше выводить не одно решение, а несколько — например, до 120% от оптимального. Дело в том, что после компьютерного вычисления возникнут какие-то человеческие факторы: узнав, что восточный склад только в Комсомольске-на-Амуре, а северо-западный можно ставить где угодно в окрестностях Ленинграда, принимаем решение ставить склады в Комсомольске и недалеко от ленинградского метро.