Я тоже использую вим вместо IDE (но для PHP). Есть такое мнение, что Unix - сам по себе отличная IDE. Поэтому, помимо вима я бы рекомендовал вам также хорошо освоить командную строку (bash/zsh/fish, я предпочитаю zsh).
Что используют в больших компаниях - можно посмотреть в репозиториях facebook:
https://github.com/facebook
1.
Codemod. Отличная утилита для проведения рефакторинга. Похожа на sed, но с цветными картинками. Написана на Python, кстати говоря. Я часто использую ее и очен доволен.
2.
Watchman - утилита перехватывающая события файловой системы изапускающая команды. Удобно для запуска тестов, сборки и т.д. Лично я предпочитаю ей
entr
Для навигации по большим объёмам кода также используются:
1.
https://ctags.io/
2.
The Silver Searcher
BTW. Я, для быстрого доступа к командной строке, запускаю vim через tmux (в одном из окон). В итоге моя IDE выглядит как-то так:
Подробности можете посмотреть тут:
https://github.com/voronkovich/dotfiles
UPD: Приведу список полезных плагинов, которые необходимы в независимости от ЯП:
CtrlP - быстрое открытие файлов.
easymotion - быстрые переходы по тексту
vim-test - запуск тестов из Vim
syntastic - проверка синтаксиса
YouCompleteMe - автодополнение кода
ultisnips - сниппеты кода
Также порекомендую крутой скринкаст про Vim и командную строку:
Vim screencasts 
