Вопрос старый, но может кому сэкономит время.
Тыкался с этим битый час. Оказалось все "интуитивно", и ставить расширения не обязательно.
Дистрибутив Cinnamon 18.1

Параметры системы => Панель
Жмем "Добавить новую панель" выбираем место на втором мониторе.

Но, внезапно, задачи не попадают на новую панель, она так и остается пустой.
Чтобы заработало нормально, правый клик на панели основного монитора => Изменить панель => "Копировать конфигурацию апплетов". На новой панели дополнительного монитора соответственно
"Вставить конфигурацию апплетов".

После копирования конфигурации получаем две самостоятельные панели для каждого монитора. На каждую попадают окна открытые на соответствующем мониторе.