Чем лучше парсить html?

Кто-то сказал, что входной html будет валидным?

API GitHub как получить изменения?

Да, и дальше распарсить этот diff. Наверняка есть сторонние библиотеки, но просто номер строки должно быть несложно выдрать и так.

На чем писать модульный парсер с фронтендом?

@PiloTeZ если логика нетривиальная то проще выполнить готовый js не разбираясь в нем

Какой алгоритм поиска в массиве лучше?

Тогда все тот же бинарный поиск

Почему канвас уходит к последнему элементу?

Конечно пустой, если хочешь несколько канвасов надо во все и рисовать