SASS это препроцессор. Грубо говоря, это такой метод написания CSS с дополнительными возможностями, типа примешиваний, переменных, функций и пр. Вы пишете style.scss файл, потом через SASS-компилятор на выходе получаете готовый CSS. Если пишете на SASS, то генерируемый CSS файл трогать не нужно, он будет перезаписываться каждый раз при компиляции.
Если вы про эти 3 варианта скачивания:
getbootstrap.com/getting-started/#download
то самый первый - это уже скомпилированная CSS-версия, в ней нет исходников в LESS (еще один препроцессор) и SASS. Далее идет LESS-версия, она включает в себя LESS-файлы. И 3 ссылка это SASS-версия.
Если вы планируете переделывать дефолтный Bootstrap, например, менять кнопки, цвета, шрифты, то конечно лучше изучить какой-нибудь из препроцессоров и делать это в исходниках, нежели исправлять в сотни местах одни и те же строчки :)
