Спасибо. Интересно, что один из советов по ссылке — использовать pythonw со скриптом для запуска cli-программ без терминала) Значит, насколько я понимаю, родного средства нет, нужно обязательно добавлять ещё одно звено в цепь? Жаль, если так. Интересно, почему разработчики не озаботились таким уже привычным для Perl и Python средством...
Наверное, можно на крайний случай чуть переделать скрипт и запускать node-webkit с полем show: false в манифесте, но это тоже тот ещё костыль для простой системной утилитки.