Сервер 1С не будет работать по Shared Memory, если доступно TCP-подключение. По крайней мере мне этого не удавалось.
Установите отдельный инстанс SQL-сервера и запретите ему TCP, а 1С-сервер "натравите" уже на этот новый инстанс.
А другие базы пусть и крутятся на основном инстансе.