Мне удобнее сделать всё на C#, .Net, WPF и в случае появления linux запускать всё под Mono.
Ты под Mono не сможешь запустить приложение на WPF:)
Тогда уж сразу лучше писать на Avalonia.
Это раз.
Два - если будет Linux, то очень велик шанс, что какой-нибудь особенный российский linux, у которого могут быть проблемы с совместимостью - нужно будет тестировать и как минимум писать инструкции по установке.
Три - лучше смотреть на конкретные требования заказчика. Сейчас даже на госпредприятиях чаще в веб идут.