vladimirStrgnv

node-schedule
При запуске сервиса просто взводите все джобы, которые у вас есть в базе. Если их очень много, группируйте по времени срабатывания. Ну или можно действительно делать выборку только за сегодняшний день, каждые несколько часов, нужно подобрать параметры в зависимости от задачи и нагрузки.

Или вот ещё планировщик есть: Bree

Никаких setTimeout точно.
Просто при каждом поступающем сообщении создаёте задачу на временную метку(можно с помощью совета Станислав Макаров) если такой ещё нет, которая в указанное время запросит все записи с такой меткой и выполнит с ними нужное действие.
Метку и, соответственно, запрос можно создавать с округлением в размере допуска.
В базе естественно всё это дело надо индексировать и складывать для удобства таких запросов.

Средствами ноды или перечисленными в ответах способами сделать можно, но это не эффективно, обычно для такого используют менеджеры очередей, типа RabbitMQ и ему подобные.