ответ будет пальцем в небо, потому что много неизвестных:
но если в реляционных бд реализовывать фильтры, то надо думать про индексы, а как с этим в монгодб?
ну и я бы рекомендовал сначала произвести детальный профайлинг, хотя бы посмотреть какие процессы грузят, сколько ядер задействовано и остальные ресурсы.
