Vitaly Karasik

Я не думаю, что в этом есть смысл.
В CF такое сделать нельзя (AFAIK).
Но если все-таки хочется, то это можно попытаться сделать такую проверку на своем вебсервере.

на родном NS-сервере домена (который мы купили)

Если мы перенесли DNS на Cloudflare (AWS, Google, другой провайдер), то он и станет родным.

Вы мигрировали существующий домейн? Тогда возможно Cloudflare импортировал записи из старого DNS.

1) как работал сайт без Cloudflare? http? https?
2) как сконфигурирован Cloudflare? SSL mode?
3) если выключаем проксирование Cloudflare - работает?

Не уверен, что такое можно.
Как workaround я бы сделал plainhttp.site.ru c mypage.php.

ищите "free CDN" - например, https://hostry.com/products/cdn/

Стоит ли брать Pro тариф для защиты сайта от атак ну и соответственно ускорение ? Как обстоят дела там у защиты ?

Защищает, если коротко.
Увы, понять насколько хорош сервис защиты от DDoS, невозможно до момента серьезной атаки. Поэтому остается только вариант изучения истории других сайтов. У cloudflare есть куча успешных историй, и они изначально стартовали как анти-DDoS, в отличие от stackpath\maxCDN.
Так что я больше люблю cloudflare.
Но согласен, что планы stackpath (траффик вместо кол-ва сайтов) выглядят привлекательно.

whois тут не при чем.
Нужно добавить DNS record MX. Какие адреса и с каким priority - скопируйте из DNS хостера.