любая, да миллион причин от железа до софта и искать можете от пары часов до пары лет и не найти
Поменяйте архитектуру, чтоб скрипт работал не 12 часов, а много мелких скриптов, которые будут добавлять пачки задач, выполняться, писать логи в базу
через крон например