Я для генерации PDF использовал Latex: генерировал .tex по шаблону, потом из него генерировал PDF.
В латексе проблема вставки кол-ва страниц решается просто:
\usepackage{lastpage}
...
в документе \pageref{LastPage} страниц
Тако подход оч удобен для серверных приложений, вам скорее всего не подойдет наверное...
