Владимир Мартьянов

Читаете первый, сдвигаете влево на 8 бит, прибавляете второй. PROFIT

Это BMP, вероятно. Дальше можете почитать про стеганографию, например.

Храните как десятичное в mysql и как unsigned long в программе, тогда никаких проблем в преобразованиях не будет.

IDA в помощь. В принципе, возможно изменить файл так, чтобы некоторая контрольная сумма осталась той же.

lo = word & 0xFF
hi = (word >> 8) & 0xFF

Открыть файл, найти строку, заменить, сохранить.
Возможность изменить длину зависит от многих факторов: компилера, линкера, удачи.

В данном случае могу сказать определено что это не GPG. Вообще нужны подробности: источник данных, почему подозревается шифрование, предположения о длине и содержимом исходных данных...

Если программа не требует ничего кроме своего EXE файла, работает без внесения изменений в реестр и из любого каталога - инсталлер не нужен.

IDA + скрипт к ней? :-)