Первоначально необходимо изучить основы маршрутизации. Если вы убираете галку "использовать для выхода в интернет" - естественно, что через туннель пойдёт только тот траффик, который вы в него завернёте. То есть вам нужно прописать статический маршрут в локалку микротика через этот самый туннель. Зюкселя под рукой сейчас нет, поэтому не могу подсказать раздел, где это делается. Но то что это возможно - 100%