Максим Гришин

Вруби на клиенте tcpdump/wireshark и ищи пропадания связи по времени посе часа-двух работы. Потом смотри, есть ли в каких-нибудь логах что-то странное на этот момент. Как вариант, сетевая спать идет. Как вариант, теряется мак-адрес, а ARP либо отдает кривой адрес, либо ещё что. Если он на вайфае, как вариант роутер решил освободить канал или как-нибудь переключить и карта глючит, а при постоянном трафике этого нет. Если там VPN, как вариант где-то UDP-сессия отваливается на роутере. Проблем может быть много.

Запустить на сервере WinSCP, подключиться к своей машине, залить файл и потом локально скопировать его на флэшку.
Подключить через mount-cifs на арче каталог с сервера, скачать файл и залить его на флэшку.
Отправить файл себе по почте, открыть её в браузере, скачать и залить на флэшку.
Открыть браузер, залить файл на яндекс-диск, зайти из дома с виндов и слить файл на флэшку. (То же с другими облаками)
Да мало ли способов. Да, Remmina не умеет кидать файлы через буфер обмена (пока?), но это всего лишь повод искать обходные пути.

из гугла я узнал что у d-link-a айпи фильтр отвечает только за исходящий трафик

Это плохой, негодный д-линк, если гугл не врет. Советую перепрошить на *WRT, там такой подход будет работать.

Нужно настроить запуск этого клиента как системную службу (с запуском, скорее всего, от имени NT AUTHORITY\NETWORK SERVICE), тогда должно работать вне зависимости от подключений по RDP.

Памяти виртуалке не хватает, либо процессоров (vCPU).

По идее, любой ПК не древнее 15 лет может потянуть тонкий клиент, проблема будет в видеокарте - может ли она 1920х1080, а также может ли тот вариант ОС для тонкого клиента, который затеешь на неё поставить, увидеть эту видюху.

PS: такой ПК может оказаться дешевле RDP CAL'a для него.

Да, ввести его в домен. После чего использовать только учетки из домена, а локальные отключить.