Проверьте диск на наличие "bad" секторов. Добрая половина подобных проблем связана с ними. Ubuntu использует другую, не поврежденную часть диска. Для проверки и лечения можете использовать mhdd. Где взять и как пользоваться - в гугл. Данных о проблеме действительно 0, поэтому если я угадал, после лечения диска читайте
инструкцию по созданию загрузочной флэшки Windows ....
