На самом деле все зависит от компании. В свое время, я устраивался на работу, именно на эту позицию. Я не знал .Net вообще. Компания требовала сделать тестовое задание, так вот это был мой первый опыт работы с .Net, до этого я работал только с Delphi.
По моему мнению, если Вас берут на должность джуниора, то Вы должны знать то, как писать программы, без привязки к конкретному языку и платформе. Вы должны знать как решаются типовые задачи (будь то веб или декстопная разработка). Я бы взял в джуниоры того, кто вообще не знает .Net, но понимает саму суть написания программ, может решать задачи без привязки к .Net, кто может думать и обучаться. Конечно, знание .Net только плюс, но никак не минус.
Но не забывайте, что главный фактор - это люди. Может быть они ждут на позицию джуниора того, кто все умеет и мало просит. :)