Вот какие костыли я приделал в итоге, может кому то пригодятся:
koala-app.com - GUI компилятор для популярных препроцессоров. Этой программой у меня автоматически компилируются less-файлы, быстро подхватывает после сохранения файла, быстро компилирует. В отличии от плагина LESS CSS Compiler для WebStorm - компиляция bootstrap происходит мгновенно. IDE задумывается
от десяти до тридцати пяти секунд - для меня это шок, особенно учитывая мощность компьютера.
livereload.com - такой же GUI-компилятор, но со старой версией less. Использую только для автоматического обновления страницы браузера после обновления файлов проекта, саму компиляцию я в нем отключил.