Есть банальная идея — взять virtualenv + pip и с их помощью декларативно указывать зависимости.
То есть нужно хранить не либы, а файлик dependencies.txt с указанием версий библиотек.
Далее, при деплое инициализируется virtualenv, и он качает указанные библиотеки и складывает в venv/lib, что очень удобно.
