В вашем случае скорее всего никак. Разве только удалить из script.php весь код, который может изменять папку ./apps.
Если бы была полноценная машина то с помощью настройки SELinux. Без него если весь код выполняется от одного пользователя, то и права будут одинаковые. И еще PHP как CGI придется выполнять.
