Сам разобрался. Решил поделиться. Решением. За требуемое поведение тегов отвечает dtd. В метод добавил строки:
CKEDITOR.dtd['cut']={};
CKEDITOR.dtd.$empty['cut']=1;
CKEDITOR.dtd.$nonEditable['cut']=1;
CKEDITOR.dtd.$object['cut']=1;
Строка 1. не дает наследовать этот элемент;
Строка 2. Самозакрывающийся тег;
Строка 3. Запрет редактирования;
Строка 4. Объект можно выделить только полностью.
В целом я удовлетворился вот таким вариантом плагина
https://yadi.sk/d/51oEeVCMfvabV