Каким образом можно описать множественные ограничения в схеме XPDO?

Да, это предельно ясно, но если как описать одиночный индекс в схеме версии 1.1 ясно, то как описать в ней двойной индекс не понятно.

Кто-нибудь использует переменные для работы с базой?

Простите, что значит "чистый php"? Вы работаете с базой миную xPDO используя SQL запросы?