После марафона с бубнами я отформатировал раздел с linux. После чего всё-равно остался загрузчик Grub. Проблема с драйверами осталась.
Затем удалил загрузчик Grub. После чего мой Windows перестал загружаться.
Теперь проблема с неработающими портами USB неактуальна(((
ИМХО дело было где-то рядом с GRUB, с моим морально устаревшем BIOS MBR и таблицей диска, который был на GPT.