Какого именно проектирования? Функционала, архитектуры или интерфейса?
Для проектирования функционала нет ничего лучше, чем старый добрый MS Word и клавиатура.
Для проектирования архитектуры подойдёт Visio+UML , для интерфейса лично я пользуюсь сервисом cacoo.com