скайп в 10-ке, как и многие другие приложения, умеет работать в фоновом режиме
(вспоминаем телефоны, где в фоне вы можете получать уведомления от вайбера\скайпа\телеграма и прочая не выводя их на передний фон).
Нажимаете пуск, вводите в поле поиска фон и выбираете пункт "выберите какие приложения могут запускаться в фоновом режиме".
Откроется пункт меню настроек windows, где вы можете запретить фоновый режим в принципе, а можете - только определенным приложениям.
Проверено - после этого вайбер перестал беспокоить бессмысленными сообщениями (потому что скайп нужен :D а вайбер - нет)