Алгоритм, в общем-то оптимален. Но реализация допускает некоторые микро-оптимизации.
Во-первых, StringBuilder можно указать итоговый размер в конструкторе. Тогда там не будет лишних выделений памяти. Вы же знаете, что там будет сумма двух длин в итоге.
Во-вторых, основной цикл лучше гнать не до максимальной длины из двух, а до минимальной. Тогда в цикле не надо никаких проверок, что индекс не вышел за границы строки. После цикла надо будет добавить к собираемой строке кусок одной из двух входных строк. Проверьте, какая строка длиннее и добавьте ровно len1-len2 символов с конца. Используйте метод substring(), чтобы получить этот суффикс и сразу передавайте его в append().
Вторую часть про символы на четных местах тоже можно соптимизировать. Вы знаете длину ответа заранее, инициализируйте StringBuilder с нужной вместимостью.
На четных местах будет вторая строка. Ну и в конце только какие-то символы через один из второй строки или из первой, в зависимости, какая длинее. Если передавать в функцию не результат работы первой, а 2 строки, то можно сначала append в stringbuilder substring от второй строки, а потом циклом взять нужное количество символов через один из первой или второй строки. Нарисуйте на бумаге несколько случаев, первая строка длиннее второй или наоборот. Длина второй строки четная/нечетная, длина первой четная/нечетная. В каждом из этих случаев будет +-1 где-то в формулах для индексации. Можно это все удачно записать с помощью деления на 2 нацело и остатка от деления на 2.
